Spatio-temporal control of asymmetric septum positioning during sporulation in Bacillus subtilis. 2024 Laboratoř mikrobiální genetiky a genové exprese Muchová K.Pospíšil J.Kalocsaiová E.Chromiková Z.Žarnovičanová S.Šanderová H.Krásný L.Barák I.Journal of Biological Chemistry. 2024; 300(6); 10733910.1016/j.jbc.2024.107339
Whole proteome analysis of germinating and outgrowing Bacillus subtilis 168 2024 Laboratoř mikrobiální genetiky a genové exprese Pospíšil J.Sax A.Hubálek M.Krásný L.Vohradský J.Proteomics. 2024; č. článku 240003110.1002/pmic.202400031
Structural characterization of two prototypical repressors of SorC family reveals tetrameric assemblies on DNA and mechanism of function. 2024 Laboratoř mikrobiální genetiky a genové exprese Šoltysová M.Škerlová J.Pachl P.Škubník K.Fábry M.Sieglová I.Farolfi M.Grishkovskaya I.Babiak M.Nováček J.Krásný L.Řezáčová P.Nucleic Acids Research. 2024; 52(12); 7305-7320); gkae43410.1093/nar/gkae434
RIP-seq reveals RNAs that interact with RNA polymerase and primary sigma factors in bacteria 2024 Laboratoř mikrobiální genetiky a genové exprese Vaňková Hausnerová V.Shoman M.Kumar D.Schwarz M.Modrák M.Jirát Matějčková J.Mikesková E.Neva S.Herrmannová A.Šiková M.Halada P.Novotná I.Pajer J.Valášek L.Převorovský M.Krásný L.Hnilicová J.Nucleic Acids Research. 2024; 52(May 8); 4604-462610.1093/nar/gkae081
A new role of sigma factors in regulation of bacterial transcription 2023 Laboratoř mikrobiální genetiky a genové exprese Pospíšil J.Schwarz M.Ziková A.Vítovská D.Hradilová M.Kolář M.Křenková A.Hubálek M.Krásný L.Vohradský J.Czech Chem. Soc. Symp. Series. 2023; 21(5); 210-210
Lipophosphonoxins; their preparation and use 2023 Laboratoř mikrobiální genetiky a genové exprese Rejman D.Pohl R.Mojr V.Do Pham D.Kolář M.Krásný L.
?E of Streptomyces coelicolor can function both as a direct activator or repressor of transcription 2024 Laboratoř mikrobiální genetiky a genové exprese Pospíšil J.Schwarz M.Ziková A.Vítovská D.Hradilová M.Kolář M.Křenková A.Hubálek M.Krásný L.Vohradský J.Communications Biology. 2024; 7(January 6); 46/10.1038/s42003-023-05716-y
Design and synthesis of new molecular tools to probe cytosolic proteins in bacteria resistant to rifamycin antibiotics 2023 Laboratoř mikrobiální genetiky a genové exprese Mojr V.Sudzinová P.Hubálek M.Krásný L.Rejman D.Czech Chemical Society Symposium Series. 2023; 21(5); 179
The alternative sigma factor SigN of Bacillus subtilis is intrinsically toxic 2023 Laboratoř mikrobiální genetiky a genové exprese Burton A.Pospíšilová D.Sudzinová P.Snider E.Burrage A.Krásný L.Kearns D.Journal of Bacteriology. 2023; 205(10); e001122310.1128/jb.00112-23
What the Hel: recent advances in understanding rifampicin resistance in bacteria 2023 Laboratoř mikrobiální genetiky a genové exprese Sudzinová P.Šanderová H.Koval T.Skálová T.Borah N.Hnilicová J.Kouba T.Dohnálek J.Krásný L.FEMS Microbiology Reviews. 2023; 47(6); fuac05110.1093/femsre/fuac051
Characterization of a transitionally occupied state and thermal unfolding of domain 1.1 of s(A) factor of RNA polymerase from Bacillus subtilis 2023 Laboratoř mikrobiální genetiky a genové exprese Tužinčin D.Padrta P.Šanderová H.Rabatinová A.Bendová K.Krásný L.Zídek L.Kadeřávek P.Proteins-Structure; Function and Bioinformatics. 2023; 91(9); 1276-128710.1002/prot.26531
Bacterial resistance to rifampicin by its modifications 2022 Laboratoř mikrobiální genetiky a genové exprese Balgová T.Sudzinová P.Šanderová H.Rejman D.Krásný L.Czech Chemical Society Symposium Series. 2022; 20(6); 380-380
Novel antibacterial compound lipophosphonoxins: design; synthesis; evaluation; and applications 2022 Laboratoř mikrobiální genetiky a genové exprese Do Pham D.Mojr V.Petrová M.Krásný L.Kolář M.Fišer R.Rejman D.Czech Chemical Society Symposium Series. 2022; 20(6); 347-347
Sweet life: what the antibiotic rifampicin and sugars have in common 2024 Laboratoř mikrobiální genetiky a genové exprese Wiedermannová J.Bobková .Rawat P.Plechatá M.Sudzinová P.Balgová T.Kameník Z.Krásný L.In: VYSKOČIL; V.; BAREK; J.; BENŠOVÁ; E.; DRAŠNAR; P.; HOLÝ; P.; CHUCHVALEC; P.; JURÁŠEK; M.; KOLSKÁ; Z.; KRATOCHVÍL; B.; MASÁK; J.; PODEŠVA; J.; ŠMEJKAL; P.; ŠVEC; F.; ŠÍMOVÁ; Š.; DIVÍŠEK; T.; eds. Czech Chem. Soc. Symp. Series - NIVB Meeting 2024. Praha: Česká společnost chemická/ Czech Chemical Society; 2024; s. 233-233
LEGO-Lipophosphonoxins: A Novel Approach in Designing Membrane Targeting Antimicrobials 2022 Laboratoř mikrobiální genetiky a genové exprese Do Pham D.Mojr V.Helusová M.Mikušová G.Pohl R.Dávidová E.Šanderová H.Vítovská D.Bogdanová K.Večeřová R.Sedláková M.Fišer R.Sudzinová P.Pospíšil J.Benada O.Křížek T.Galandáková A.Kolář M.Krásný L.Rejman D.Journal of Medicinal Chemistry. 2022; 65(14); 10045-1007810.1021/acs.jmedchem.2c00684
Homologues of epigenetic pyrimidines: 5-alkyl-; 5-hydroxyalkyl and 5-acyluracil andcytosine nucleotides: synthesis; enzymatic incorporation into DNA and effect on transcription with bacterial RNA polymerase 2022 Laboratoř mikrobiální genetiky a genové exprese Gracias F.Ruiz-Larrabeiti O.Vaňková Hausnerová V.Pohl R.Klepetářová B.Sýkorová V.Krásný L.Hocek M.RSC Chemical Biology. 2022; 3(8); 1069-107510.1039/d2cb00133k
Epigenetic Pyrimidine Nucleotides in Competition with Natural dNTPs as Substrates for Diverse DNA Polymerases 2022 Laboratoř mikrobiální genetiky a genové exprese Pospíšil Š.Panattoni A.Gracias F.Sýkorová V.Vaňková Hausnerová V.Vítovská D.Šanderová H.Krásný L.Hocek M.ACS Chemical Biology. 2022; 17(10); 2781-278810.1021/acschembio.2c00342
Ms1 RNA Interacts With the RNA Polymerase Core in Streptomyces coelicolor and Was Identified in Majority of Actinobacteria Using a Linguistic Gene Synteny Search 2022 Laboratoř mikrobiální genetiky a genové exprese Vaňková Hausnerová V.Marvalová O.Šiková M.Shoman M.Havelková J.Kambová M.Janoušková M.Kumar D.Halada P.Schwarz M.Krásný L.Hnilicová J.Pánek J.Frontiers in Microbiology. 2022; 13(MAY 11 2022); 84853610.3389/fmicb.2022.848536
Glucosylated 5-Hydroxymethylpyrimidines as Epigenetic DNA Bases Regulating Transcription and Restriction Cleavage 2022 Laboratoř mikrobiální genetiky a genové exprese Chakrapani A.Ruiz-Larrabeiti O.Pohl R.Svoboda M.Krásný L.Hocek M.Chemistry - A European Journal. 2022; 28(31); e20220091110.1002/chem.202200911
Lipofosfonoxiny třetí generace; jejich příprava a použití 2021 Laboratoř mikrobiální genetiky a genové exprese Rejman D.Pohl R.Mojr V.Do Pham D.Kolář M.Krásný L.
Critical Reviews and Perspectives beta-CASP proteins removing RNA polymerase from DNA: when a torpedo is needed to shoot a sitting duck 2021 Laboratoř mikrobiální genetiky a genové exprese Wiedermannová J.Krásný L.Nucleic Acids Research. 2021; 49(18); 10221-1023410.1093/nar/gkab803
Novel lipophosphonoxin-loaded polycaprolactone electrospun nanofiber dressing reduces Staphylococcus aureus induced wound infection in mice 2021 Laboratoř mikrobiální genetiky a genové exprese Do Pham D.Jenčová V.Kaňuchová M.Bayram J.Grossová I.Šuca H.Urban L.Havlíčková K.Novotný V.Mikeš P.Mojr V.Asatiani N.Kuželová Košťáková E.Maixnerová M.Vlková A.Vítovská D.Šanderová H.Nemec A.Krásný L.Zajíček R.Lukáš D.Rejman D.Gál P.Scientific Reports. 2021; 11(Sep); 1768810.1038/s41598-021-96980-7
Quasi-essentiality of RNase Y in Bacillus subtilis is caused by its critical role in the control of mRNA homeostasis 2021 Laboratoř mikrobiální genetiky a genové exprese Benda M.Woelfel S.Fasshauer P.Gunka K.Klumpp S.Poehlein A.Kálalová D.Šanderová H.Daniel R.Krásný L.Stuelke J.Nucleic Acids Research. 2021; 49(12); 7088-710210.1093/nar/gkab528
NAD-capping: a universal RNA modification in Mycobacteria; Archaea and Escherichia coli 2021 Laboratoř bioinformatiky Ruiz-Larrabeiti O.Benoni R.Zemlianski V.Hanišáková N.Suder A.Schwarz M.Brezovská B.Svojanovská B.Vítězová M.Cahová H.Převorovský M.Krásný L.FEBS Open Bio. 2021; 11(Suppl 1); 18
Kinetic Modeling and Meta-Analysis of the Bacillus subtilis SigB Regulon during Spore Germination and Outgrowth 2021 Laboratoř bioinformatiky Vohradský J.Schwarz M.Ramaniuk O.Ruiz-Larrabeiti O.Vaňková Hausnerová V.Šanderová H.Krásný L.Microorganisms. 2021; 9(1)10.3390/microorganisms9010112
Effects of DNA Topology on Transcription from rRNA Promoters in Bacillus subtilis 2021 Laboratoř mikrobiální genetiky a genové exprese Sudzinová P.Kambová M.Ramaniuk O.Benda M.Šanderová H.Krásný L.Microorganisms. 2021; 9(1); 8710.3390/microorganisms9010087
Mycobacterial HelD is a nucleic acids-clearing factor for RNA polymerase 2020 Laboratoř mikrobiální genetiky a genové exprese Kouba T.Koval T.Sudzinová P.Pospíšil J.Brezovská B.Hnilicová J.Šanderová H.Janoušková M.Šiková M.Halada P.Sýkora M.Barvík I.Nováček J.Trundová M.Dušková J.Skálová T.Chon U.Murakami K.Dohnálek J.Krásný L.Nature Communications. 2020; 11(1); 641910.1038/s41467-020-20158-4
Photocaged 5-(Hydroxymethyl)pyrimidine Nucleoside Phosphoramidites for Specific Photoactivatable Epigenetic Labeling of DNA 2020 Laboratoř mikrobiální genetiky a genové exprese Chakrapani A.Vaňková Hausnerová V.Ruiz-Larrabeiti O.Pohl R.Krásný L.Hocek M.Organic Letters. 2020; 22(22); 9081-908510.1021/acs.orglett.0c03462
Bacterial nanotubes as a manifestation of cell death 2020 Laboratoř mikrobiální genetiky a genové exprese Laboratoř charakterizace molekulární strukturyPospíšil J.Vítovská D.Kofroňová O.Muchová K.Šanderová H.Hubálek M.Šiková M.Modrák M.Benada O.Barák I.Krásný L.Nature Communications. 2020; 11(1); 496310.1038/s41467-020-18800-2
Lipofosfonoxiny druhé generace a jejich použití 2020 Laboratoř mikrobiální genetiky a genové exprese Rejman D.Pohl R.Zborníková E.Krásný L.Látal T.Kolář M.
The alarmones (p)ppGpp are part of the heat shock response of Bacillus subtilis 2020 Laboratoř mikrobiální genetiky a genové exprese Schafer H.Beckert B.Frese C.Steinchen W.Nuss A.Beckstette M.Hantke I.Driller K.Sudzinová P.Krásný L.Kaever V.Dersch P.Bange G.Wilson D.Turgay K.PLoS Genetics. 2020; 16(3); e100827510.1371/journal.pgen.1008275
The torpedo effect in Bacillus subtilis: RNase J1 resolves stalled transcription complexes 2020 Laboratoř mikrobiální genetiky a genové exprese Šiková M.Wiedermannová J.Převorovský M.Barvík I.Sudzinová P.Kofroňová O.Benada O.Šanderová H.Condon C.Krásný L.EMBO Journal. 2020; 39(3); e10250010.15252/embj.2019102500
Evaluation of Second-Generation Lipophosphonoxins as Antimicrobial Additives in Bone Cement 2020 Laboratoř mikrobiální genetiky a genové exprese Zborníková E.Gallo J.Večeřová R.Bogdanová K.Kolář M.Vítovská D.Do Pham D.Pačes O.Mojr V.Šanderová H.Ulrichová J.Galandáková A.Čadek D.Hrdlička Z.Krásný L.Rejman D.ACS Omega. 2020; 5(7); 3165-317110.1021/acsomega.9b03072
Dinucleoside polyphosphates act as 5?-RNA caps in bacteria 2020 Laboratoř mikrobiální genetiky a genové exprese Hudeček O.Benoni R.Reyes Gutierrez P.Culka M.Šanderová H.Hubálek M.Rulíšek L.Cvačka J.Krásný L.Cahová H.Nature Communications. 2020; 11(Feb 26); 105210.1038/s41467-020-14896-8
Lipophosphonoxins of second generation; and their use 2019 Laboratoř mikrobiální genetiky a genové exprese Rejman D.Pohl R.Zborníková E.Krásný L.Látal T.Kolář M.
Quantitative Conformational Analysis of Functionally Important Electrostatic Interactions in the Intrinsically Disordered Region of Delta Subunit of Bacterial RNA Polymerase 2019 Laboratoř mikrobiální genetiky a genové exprese Kubáň V.Srb P.Štégnerová H.Padrta P.Zachrdla M.Jeseňáková Z.Šanderová H.Vítovská D.Krásný L.Koval T.Dohnálek J.Ziemska-Legiecka J.Grynberg M.Jarnot P.Gruca A.Jensen M.Blackledge M.Žídek L.Journal of the American Chemical Society. 2019; 141(42); 16817-1682810.1021/jacs.9b07837
Analysis of nucleotide pools in bacteria using HPLC-MS in HILIC mode 2019 Laboratoř mikrobiální genetiky a genové exprese Zborníková E.Knejzlík Z.Hauryliuk V.Krásný L.Rejman D.Talanta. 2019; 205(Dec 1); 12016110.1016/j.talanta.2019.120161
Switching transcription with bacterial RNA polymerase through photocaging; photorelease and phosphorylation reactions in the major groove of DNA 2019 Laboratoř buněčné biologie infekcí Vaníková Z.Janoušková M.Kambová M.Krásný L.Hocek M.Chemical Science. 2019; 10(14); 3937-394210.1039/c9sc00205g
Domain structure of HelD; an interaction partner of Bacillus subtilis RNA polymerase 2019 Laboratoř mikrobiální genetiky a genové exprese Koval T.Sudzinová P.Perháčová T.Trundová M.Skálová T.Fejfarová K.Šanderová H.Krásný L.Dušková J.Dohnálek J.FEBS Letters. 2019; 593(9); 996-100510.1002/1873-3468.13385
Ms1 RNA increases the amount of RNA polymerase in Mycobacterium smegmatis 2019 Laboratoř mikrobiální genetiky a genové exprese Šiková M.Janoušková M.Ramaniuk O.Páleníková P.Pospíšil J.Bartl P.Suder A.Pajer P.Kubičková P.Pavliš O.Hradilová M.Vítovská D.Šanderová H.Převorovský M.Hnilicová J.Krásný L.Molecular Microbiology. 2019; 111(2); 354-37210.1111/mmi.14159
The Core and Holoenzyme Forms of RNA Polymerase from Mycobacterium smegmatis 2019 Laboratoř mikrobiální genetiky a genové exprese Kouba T.Pospíšil J.Hnilicová J.Šanderová H.Barvík I.Krásný L.Journal of Bacteriology. 2019; 201(4); e0058310.1128/JB.00583-18
Spx; the central regulator of the heat and oxidative stress response in B-subtilis; can repress transcription of translation-related genes 2019 Laboratoř mikrobiální genetiky a genové exprese Schaefer H.Heinz A.Sudzinová P.Voss M.Hantke I.Krásný L.Turgay K.Molecular Microbiology. 2019; 111(2); 514-53310.1111/mmi.14171
