Data-Independent Acquisition Represents a Promising Alternative for Fast Photochemical Oxidation of Proteins (FPOP) Samples Analysis Analytical Chemistry. 2024; 96(28); 11273-112792024 Zákopčaník M.Kavan D.Kukačka Z.Novák P.Loginov D. Laboratoř strukturní biologie a buněčné signalizace 10.1021/acs.analchem.4c01084
A Novel Monoallelic ALG5 Variant Causing Late-Onset ADPKD and Tubulointerstitial Fibrosis Kidney International Reports. 2024; 9(7); 2209-22262024 Elhassan E.Kmochová T.Benson K.Fennelly N.Barešová V.Kidd K.Doyle B.Dorman A.Morrin M.Kyne N.Vyleťal P.Hartmannová H.Hodanová K.Sovová J.Mušálková D.Vrbacká A.Přistoupilová A.Živný J.Svojšová K.Radina M.Stránecký V.Loginov D.Pompach P.Novák P.Vaníčková Z.Hansíková H.Rajnochová-Bloudíčková S.Viklický O.Hůlková H.Cavalleri G.Hnizda A.Bleyer A.Kmoch S.Conlon P.Živná M.Zobrazit další (30) Laboratoř strukturní biologie a buněčné signalizace 10.1016/j.ekir.2024.04.031
Structural Characterization of Monoclonal Antibodies and Epitope Mapping by FFAP Footprinting Analytical Chemistry. 2024; 96(19); 7386-73932024 Fojtík L.Kalaninová Z.Fiala J.Halada P.Chmelík J.Man P.Kukačka Z.Novák P.Zobrazit další (3) Laboratoř strukturní biologie a buněčné signalizace 10.1021/acs.analchem.3c04161
Isotopic Depletion Increases the Spatial Resolution of FPOP Top-Down Mass Spectrometry Analysis Analytical Chemistry. 2024; 96(4); 1478-14872024 Polák M.Černý J.Novák P. Laboratoř strukturní biologie a buněčné signalizace 10.1021/acs.analchem.3c03759
Design of AsLOV2 domain as a carrier of light-induced dissociable FMN photosensitizer Protein Science. 2024; 33(4); e49212024 Felčíková K.Hovan A.Polák M.Loginov D.Holotová V.Diaz C.Kožář T.Lee O.Varhač R.Novák P.Bánó G.Sedlák E.Zobrazit další (7) Laboratoř strukturní biologie a buněčné signalizace 10.1002/pro.4921
An Unusual Two-Domain Thyropin from Tick Saliva: NMR Solution Structure and Highly Selective Inhibition of Cysteine Cathepsins Modulated by Glycosaminoglycans International Journal of Molecular Sciences. 2024; 25(4); 22402024 Matoušková Z.Orsághová K.Srb P.Pytelková J.Kukačka Z.Buša M.Hajdušek O.Šíma R.Fábry M.Novák P.Horn M.Kopáček P.Mareš M.Zobrazit další (8) Laboratoř strukturní biologie a buněčné signalizace 10.3390/ijms25042240
Development of a PNGase Rc Column for Online Deglycosylation of Complex Glycoproteins during HDX-MS Journal of the American Society for Mass Spectrometry. 2023; 34(11); 2556-25662023 Lambert T.Gramlich M.Stutzke L.Smith L.Deng D.Kaiser P.Rothbauer U.Benesch J.Wagner C.Koenig M.Pompach P.Novák P.Zeck A.Rand K.Zobrazit další (9) Laboratoř strukturní biologie a buněčné signalizace 10.1021/jasms.3c00268
Probing Antibody Structures by Hydrogen/Deuterium Exchange Mass Spectrometry In: GEVAERT; K.; ed. Mass Spectrometry-Based Proteomics. New York: Humana; 2023; s. 303-334. Methods in Molecular Biology2023 Kalaninová Z.Fojtík L.Chmelík J.Novák P.Volný M.Man P.Zobrazit další (1) Laboratoř strukturní biologie a buněčné signalizace 10.1007/978-1-0716-3457-8_17
Top-Down Proteoform Analysis by 2D MS with Quadrupolar Detection Analytical Chemistry. 2023; 95(44); 16123-161302023 Polák M.Palasser M.Kádek A.Kavan D.Wootton C.Delsuc M.Breuker K.Novák P.van Agthoven M.Zobrazit další (4) Laboratoř strukturní biologie a buněčné signalizace 10.1021/acs.analchem.3c02225
The rapid detection of procalcitonin in septic serum using immunoaffinity MALDI chips Clinical Proteomics. 2023; 20(1); 202023 Dvořák J.Nováková J.Kraftová L.Studentová V.Matejovic M.Raděj J.Karvunidis T.Horák J.Kralovcová M.Hrabák J.Kalaninová Z.Volný M.Novák P.Pompach P.Zobrazit další (9) Laboratoř strukturní biologie a buněčné signalizace 10.1186/s12014-023-09410-3
Molecular structure of soluble vimentin tetramers Scientific Reports. 2023; 13(1); 88412023 Vermeire P.Lilina A.Hashim H.Dlabolova L.Fiala J.Beelen S.Kukačka Z.Harvey J.Novák P.Strelkov S.Zobrazit další (5) Laboratoř strukturní biologie a buněčné signalizace 10.1038/s41598-023-34814-4
Multivalency of nucleosome recognition by LEDGF Nucleic Acids Research. 2023; 51(18); 10011-100252023 Koutná E.Lux V.Kouba T.Škerlová J.Nováček J.Srb P.Hexnerová R.Šváchová H.Kukačka Z.Novák P.Fábry M.Poepsel S.Veverka V.Zobrazit další (8) Laboratoř strukturní biologie a buněčné signalizace 10.1093/nar/gkad674
Restored biosynthetic pathways induced by MSCs serve as rescue mechanism in leukemia cells after L-asparaginase therapy Blood Advances. 2023; 7(10); 2228-22362023 Alquezar-Artieda N.Kužílková D.Roberts J.Hložková K.Pecinová A.Pecina P.Zwyrtková M.Potůčková E.Kavan D.Heřmanová I.Žaliová M.Novák P.Mráček T.Šrámková L.Tennant D.Trka J.Starková J.Zobrazit další (12) Laboratoř strukturní biologie a buněčné signalizace 10.1182/bloodadvances.2021006431
A method for functionalization of an aromatic amino acid or a nucleobase 2023 Matoušek V.Beier P.Novák P. Laboratoř strukturní biologie a buněčné signalizace
Experimental characterization of de novo proteins and their unevolved random-sequence counterparts Nature Ecology & Evolution. 2023; 7(4); 570-5802023 Heames B.Buchel F.Aubel M.Tretyachenko V.Loginov D.Novák P.Lange A.Bornberg-Bauer E.Hlouchová K.Zobrazit další (4) Laboratoř strukturní biologie a buněčné signalizace 10.1038/s41559-023-02010-2
Preferred beta-lactone synthesis can explain high rate of false-negative results in the detection of OXA-48-like carbapenemases Scientific Reports. 2022; 12(1); 222352022 Studentová V.Sudová V.Bitar I.Pašková V.Moravec J.Pompach P.Volný M.Novák P.Hrabák J.Zobrazit další (4) Laboratoř strukturní biologie a buněčné signalizace 10.1038/s41598-022-26735-5
Crystal structure of blue laccase BP76; a unique termite suicidal defense weapon. Structure. 2024; 32(October); 1581-15852024 Škerlová J.Brynda J.Šobotník J.Zákopčaník M.Novák P.Bourguignon T.Sillam-Duss?s D.Řezáčová P.Zobrazit další (3) Laboratoř strukturní biologie a buněčné signalizace 10.1016/j.str.2024.07.015
Pre-invasion assessment on African invasive grasses revealed five new species of ergot fungi; Claviceps section Pusillae Fungal Biology. 2022; 126(11-12); 752-7632022 van der Linde E.Píchová K.Pažoutová S.Stodůlková E.Flieger M.Novák P.Kolařík M.Zobrazit další (2) Laboratoř genetiky a metabolismu hub10.1016/j.funbio.2022.09.004
Top-Down Detection of Oxidative Protein Footprinting by Collision-Induced Dissociation;Electron-Transfer Dissociation; and Electron-Capture Dissociation Analytical Chemistry. 2022; 94(28); 9993-100022022 Yassaghi G.Kukačka Z.Fiala J.Kavan D.Halada P.Volný M.Novák P.Zobrazit další (2) Laboratoř strukturní biologie a buněčné signalizace 10.1021/acs.analchem.1c05476
In Vitro Evolution Reveals Noncationic Protein-RNA Interaction Mediated by Metal Ions Molecular Biology and Evolution. 2022; 39(3); msac0322022 Giacobelli V.Fujishima K.Lepšík M.Tretyachenko V.Kadavá T.Makarov M.Bednárová L.Novák P.Hlouchová K.Zobrazit další (4) Laboratoř strukturní biologie a buněčné signalizace 10.1093/molbev/msac032
Utilization of Fast Photochemical Oxidation of Proteins and Both Bottom-up and Top-down Mass Spectrometry for Structural Characterization of a Transcription Factor-dsDNA Complex Analytical Chemistry. 2022; 94(7); 3203-32102022 Polák M.Yassaghi G.Kavan D.Filandr F.Fiala J.Kukačka Z.Halada P.Loginov D.Novák P.Zobrazit další (4) Laboratoř strukturní biologie a buněčné signalizace 10.1021/acs.analchem.1c04746
Hydroxyl radical footprinting analysis of a human haptoglobin-hemoglobin complex Biochimica Et Biophysica Acta-Proteins and Proteomics. 2022; 1870(2); 1407352022 Loginov D.Fiala J.Brechlin P.Kruppa G.Novák P. Laboratoř strukturní biologie a buněčné signalizace 10.1016/j.bbapap.2021.140735
Early-onset pulmonary and cutaneous vasculitis driven by constitutively active SRC-family kinase HCK Journal of Allergy and Clinical Immunology-In Practice. 2021; S0091-6749(21); 01395-62021 Kanderová V.Borna Š.Králová J.Novák P.Brdička T.Lebl J.Zobrazit další (1) Laboratoř strukturní biologie a buněčné signalizace 10.1016/j.jaci.2021.07.046
Molecular Interactions Driving Intermediate Filament Assembly Cells. 2021; 10(9); 24572021 Vermeire P.Stalmans G.Lilina A.Fiala J.Novák P.Herrmann H.Strelkov S.Zobrazit další (2) Laboratoř strukturní biologie a buněčné signalizace 10.3390/cells10092457
Chitinase Chit62J4 essential for chitin processing by human microbiome bacterium clostridium paraputrificum J4 Molecules. 2021; 26(19); 59782021 Dohnálek J.Dušková J.Tishchenko G.Kolenko P.Skálová T.Novák P.Fejfarová K.Šimůnek J.Zobrazit další (3) Laboratoř strukturní biologie a buněčné signalizace 10.3390/molecules26195978
Early modification of cytochrome c by hydrogen peroxide triggers its fast degradation International Journal of Biological Macromolecules. 2021; 174(MAR 31 2021); 413-4232021 Tomášková N.Novák P.Kožár T.Petrenčáková M.Jančura D.Yassaghi G.Man P.Sedlák E.Zobrazit další (3) Laboratoř strukturní biologie a buněčné signalizace 10.1016/j.ijbiomac.2021.01.189
Benefits of Ion Mobility Separation and Parallel Accumulation-Serial Fragmentation Technology on timsTOF Pro for the Needs of Fast Photochemical Oxidation of Protein Analysis ACS Omega. 2021; 6(15); 10352-103612021 Loginov D.Fiala J.Chmelík J.Brechlin P.Kruppa G.Novák P.Zobrazit další (1) Laboratoř strukturní biologie a buněčné signalizace 10.1021/acsomega.1c00732
SAP domain forms a flexible part of DNA aperture in Ku70/80 FEBS Journal. 2021; 288(14); 4382-43932021 Hnízda A.Těšina P.Nguyen T.Kukačka Z.Kater L.Chaplin A.Beckmann R.Ascher D.Novák P.Blundell T.Zobrazit další (5) Laboratoř strukturní biologie a buněčné signalizace 10.1111/febs.15732
LinX 2.0 2021 Kukačka Z.Rosůlek M.Jelínek J.Slavata L.Kavan D.Novák P.Zobrazit další (1) Laboratoř strukturní biologie a buněčné signalizace
LinX: A Software Tool for Uncommon Cross-Linking Chemistry Journal of Proteome Research. 2021; 20(4); 2021-20272021 Kukačka Z.Rosůlek M.Jelínek J.Slavata L.Kavan D.Novák P.Zobrazit další (1) Laboratoř strukturní biologie a buněčné signalizace 10.1021/acs.jproteome.0c00858
Studying Protein-DNA Interactions by Hydrogen/Deuterium Exchange Mass Spectrometry In: POTERSZMAN; Arnaud; ed. Multiprotein Complexes. Methods and Protocols. 2247. New York: Springer; 2021; s. 193-219. Methods in Molecular Biology2021 Filandrová R.Kavan D.Kádek A.Novák P.Man P. Laboratoř strukturní biologie a buněčné signalizace 10.1007/978-1-0716-1126-5_11
Bacteriocin ASM1 is an O/S-diglycosylated; plasmid-encoded homologue of glycocin F FEBS Letters. 2020; 594(7); 1196-12062020 Main P.Hata T.Loo T.Man P.Novák P.Havlíček V.Norris G.Patchett M.Zobrazit další (3) Laboratoř strukturní biologie a buněčné signalizace 10.1002/1873-3468.13708
Targeting ERK-Hippo Interplay in Cancer Therapy International Journal of Molecular Sciences. 2020; 21(9); 32362020 Vališ K.Novák P. Laboratoř strukturní biologie a buněčné signalizace 10.3390/ijms21093236
Three-Dimensional Printed Target Plates for Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Mass Spectrometry Analytical Chemistry. 2020; 92(19); 12783-127882020 Fialová J.Hrabák J.Studentová V.Kavan D.Pompach P.Novák P.Zobrazit další (1) Laboratoř strukturní biologie a buněčné signalizace 10.1021/acs.analchem.0c01737
Toward Increased Reliability; Transparency; and Accessibility in Cross-linking Mass Spectrometry Structure. 2020; 28(11); 1259-12682020 Leitner A.Bonvin A.Borchers C.Novák P. Laboratoř strukturní biologie a buněčné signalizace 10.1016/j.str.2020.09.011
Photoinduced damage of AsLOV2 domain is accompanied by increased singlet oxygen production due to flavin dissociation Scientific Reports. 2020; 10(1); 41192020 Petrenčáková M.Filandr F.Hovan A.Yassaghi G.Man P.Kožár T.Schwer M.Jančura D.Pluckthun A.Novák P.Miškovský P.Bano G.Sedlák E.Zobrazit další (8) Laboratoř strukturní biologie a buněčné signalizace 10.1038/s41598-020-60861-2
Addressing the Molecular Mechanism of Longitudinal Lamin Assembly Using Chimeric Fusions Cells. 2020; 9(7); 16332020 Stalmans G.Lilina A.Vermeire P.Fiala J.Novák P.Strelkov S.Zobrazit další (1) Laboratoř strukturní biologie a buněčné signalizace 10.3390/cells9071633
Molecular Mechanism of LEDGF/p75 Dimerization Structure. 2020; 28(12); 1288-12992020 Lux V.Brouns T.Čermáková K.Srb P.Fábry M.Mádlíková M.Hořejší M.Kukačka Z.Novák P.Kugler M.Brynda J.DeRijck J.Christ F.Debyser Z.Veverka V.Zobrazit další (10) Laboratoř strukturní biologie a buněčné signalizace 10.1016/j.str.2020.08.012
Influence of cross-linker polarity on selectivity towards lysine side chains Journal of Proteomics. 2020; 218(APR 30); 1037162020 Fiala J.Kukačka Z.Novák P. Laboratoř strukturní biologie a buněčné signalizace 10.1016/j.jprot.2020.103716
Proteomic Interactome of C. elegans Mediator Complex Subunit 28 (MDT-28) Reveals Predominant Association with a Restricted Set of Core Mediator Subunits and an Affinity to Additional Structural and Enzymatic Proteins Folia Biologica. 2019; 65(5-6); 203-2112019 Yilma P.Kostrouchová M.Talacko P.Kostrouchová V.Kostrouch D.Novák P.Zobrazit další (1) Laboratoř strukturní biologie a buněčné signalizace
MS-Based Approaches Enable the Structural Characterization of Transcription Factor/DNA Response Element Complex Biomolecules. 2019; 9(10); 5352019 Slavata L.Chmelík J.Kavan D.Filandrová R.Fiala J.Rosůlek M.Mrázek H.Kukačka Z.Vališ K.Man P.Miller M.McIntyre W.Fabris D.Novák P.Zobrazit další (9) Laboratoř charakterizace molekulární struktury10.3390/biom9100535
First Community-Wide; Comparative Cross-Linking Mass Spectrometry Study Analytical Chemistry. 2019; 91(11); 6953-69612019 Iacobucci C.Kukačka Z.Novák P. Laboratoř strukturní biologie a buněčné signalizace 10.1021/acs.analchem.9b00658
Proteases Immobilization for In Situ Time-Limited Proteolysis on MALDI Chips Catalysts. 2019; 9(10); 8332019 Rosůlek M.Darebná P.Pompach P.Slavata L.Novák P. Laboratoř strukturní biologie a buněčné signalizace 10.3390/catal9100833
Binding of eIF3 in complex with eIF5 and eIF1 to the 40S ribosomal subunit is accompanied by dramatic structural changes Nucleic Acids Research. 2019; 47(15); 8282-83002019 Zeman J.Itoh Y.Kukačka Z.Rosůlek M.Kavan D.Kouba T.Jansen M.Mohammad M.Novák P.Valášek L.Zobrazit další (5) Laboratoř strukturní biologie a buněčné signalizace 10.1093/nar/gkz570
Reductant-Induced Free Radical Fluoroalkylation of Nitrogen Heterocycles and Innate Aromatic Amino Acid Residues in Peptides and Proteins Chemistry - A European Journal. 2019; 25(69); 15779-157852019 Rahimidashaghoul K.Klimánková I.Hubálek M.Korecký M.Chvojka M.Pokorný D.Matoušek V.Fojtík L.Kavan D.Kukačka Z.Novák P.Beier P.Zobrazit další (7) Laboratoř strukturní biologie a buněčné signalizace 10.1002/chem.201902944
Ergochromes: Heretofore Neglected Side of Ergot Toxicity Toxins. 2019; 11(8); 4392019 Flieger M.Stodůlková E.Wyka S.Černý J.Grobárová V.Píchová K.Novák P.Man P.Kuzma M.Cvak L.Broders K.Kolařík M.Zobrazit další (7) Laboratoř genetiky a metabolismu hub10.3390/toxins11080439
Thiopurine intolerance-causing mutations in NUDT15 induce temperature-dependent destabilization of the catalytic site Biochimica Et Biophysica Acta-Proteins and Proteomics. 2019; 1867(4); 376-3812019 Man P.Fábry M.Sieglová I.Kavan D.Novák P.Hnízda A.Zobrazit další (1) Laboratoř strukturní biologie a buněčné signalizace 10.1016/j.bbapap.2019.01.006
The C-type lectin-like receptor Nkrp1b: Structural proteomics reveals features affecting protein conformation and interactions Journal of Proteomics. 2019; 196(MAR 30); 162-1722019 Hernychová L.Rosůlek M.Kádek A.Mareška V.Chmelík J.Adámková L.Grobárová V.Šebesta O.Kukačka Z.Skála K.Spiwok V.Černý J.Novák P.Zobrazit další (8) Laboratoř strukturní biologie a buněčné signalizace 10.1016/j.jprot.2018.11.007
Oligomeric Architecture of Mouse Activating Nkrp1 Receptors on Living Cells International Journal of Molecular Sciences. 2019; 20(8); 18842019 Adámková L.Kvíčalová Z.Rozbeský D.Kukačka Z.Adámek D.Cebecauer M.Novák P.Zobrazit další (2) Laboratoř strukturní biologie a buněčné signalizace 10.3390/ijms20081884
The MEK-ERK-MST1 Axis Potentiates the Activation of the Extrinsic Apoptotic Pathway during GDC-0941 Treatment in Jurkat T Cells Cells. 2019; 8(2); 1912019 Nováková J.Talacko P.Novák P.Vališ K. Laboratoř strukturní biologie a buněčné signalizace 10.3390/cells8020191
