Laboratoř se zaměřuje jak na původní výzkum v oblasti molekulární genetiky, tak na vývoj nástrojů, databází a serverů pro výpočetní molekulární genetiku a bioinformatiku a na spolupráci poskytováním bioinformatických služeb na výzkumných projektech. Je členem infrastruktury Elixir.
Původní výzkum
- Systémová biologie transkripční regulace (modelování transkripčních regulačních sítí, predikce regulonů transkripčních faktorů).
- Výpočetní biologie RNA (úloha struktur pre-snRNA v iniciaci biogeneze spliceosomu a mRNA UTR v translaci genů, výpočetní identifikace ncRNA genů).
Spolupráce na projektech
- Laboratoř regulace genové exprese (Leoš Shivaya Valášek) – RNAseq a RiboSeq analýza
- Laboratoř mikrobiální genetiky a genové exprese (Libor Krásný) – genome assembly, variant calling, ONT RNA methylation analysis, custom webserver development
- Laboratoř regulačních RNA (Jarmila Hnilicová) – ChIPseq processing, motif analysis
Laboratoř je autorem následujících veřejných bioinformatických služeb založených na algoritmech vyvinutých laboratoří, které provozuje ELIXIR-CZ:
- rPredictorDB – prediktivní databáze sekundárních struktur ncRNA
- cpPredictor – server pro predikci struktury RNA
- rboAnalyzer – server pro integrované vyhodnocení vyhledávání BLASTem pro nekódující RNA
- Genexpi – nástroj pro inferenci genetických sítí z dat o časovém průběhu genové exprese
- SWICZ – švýcarsko-český proteomický server
- github.com/cas-bioinf
Naše publikace
Nature Communications. 2023; 14(1); 6580
The SMN complex drives structural changes in human snRNAs to enable snRNP assembly
Náš tým
Seznamte se s členy našeho týmu Laboratoře bioinformatiky