Theme issue on the ecology of soil microorganisms 2024 Laboratoř environmentální mikrobiologieBaldrian P.Pennanen T.Kohout P.Fritze H.FEMS Microbiology Ecology. 2024; 100(4); fiae03210.1093/femsec/fiae032
Fungal communities are passengers in community development of dune ecosystems; while bacteria are not 2024 Laboratoř environmentální mikrobiologieGao C.Bezemer T.van Bodegom P.Baldrian P.Kohout P.Mancinelli R.van der Hagen H.Soudzilovskaia N.Ecology. 2024; 105(6); ecy.431210.1002/ecy.4312
Effect of plant communities on bacterial and fungal communities in a Central European grassland 2024 Laboratoř environmentální mikrobiologieLepinay C.Větrovský T.Chytrý M.Dřevojan P.Fajmon K.Cajthaml T.Kohout P.Baldrian P.Environmental Microbiome. 2024; 19(1); 4210.1186/s40793-024-00583-4
Plant effects on microbiome composition are constrained by environmental conditions in a successional grassland 2024 Laboratoř environmentální mikrobiologieMészárošová L.Kuťáková E.Kohout P.Münzbergová Z.Baldrian P.Environmental Microbiome. 2024; 19(1); 810.1186/s40793-024-00550-z
Dominant herbaceous plants contribute to the spatial heterogeneity of beech and riparian forest soils by influencing fungal and bacterial diversity 2024 Laboratoř environmentální mikrobiologieZubek S.Rozek K.Chmolowska D.Odriozola Larranga I.Větrovský T.Skubała K.Thiago Dobbler P.Stefanowicz A.Stanek M.Orzechowska A.Kohout P.Baldrian P.Soil Biology and Biochemistry. 2024; 193(June 2024); 10940510.1016/j.soilbio.2024.109405
A cryptically diverse microbial community drives organic matter decomposition in forests 2024 Laboratoř environmentální mikrobiologieMaillard F.Colin Y.Viotti C.Buee M.Brunner I.Brabcová V.Kohout P.Baldrian P.Kennedy P.Applied Soil Ecology. 2024; 193(January 24); 10514810.1016/j.apsoil.2023.105148
Current trends; limitations and future research in the fungi? 2024 Laboratoř environmentální mikrobiologieHyde K.Baldrian P.Chen Y.Chethana K.de Hoog S.Doilom M.Gomes de Farias A.Goncalves M.Gonkhom D.Gui H.Hilario S.Hu Y.Jayawardena R.Khyaju S.Kirk P.Kohout P.Luangharn T.Maharachchikumbura S.Manawasinghe I.Mortimer P.Niego A.Phonemany M.Sandargo B.Senanayake I.Stadler M.Surup F.Thongklang N.Wanasinghe D.Bahkali A.Walker A.Fungal Diversity. 2024; 125(1); 1-7110.1007/s13225-023-00532-5
Connecting the multiple dimensions of global soil fungal diversity 2023 Laboratoř environmentální mikrobiologieMikryukov V.Dulya O.Zizka A.Bahram M.Hagh-Doust N.Anslan S.Prylutskyi O.Delgado-Baquerizo M.Maestre F.Nilsson H.Paern J.Oepik M.Moora M.Zobel M.Espenberg M.Mander Ü.Khalid A.Corrales A.Agan A.Vasco-Palacios A.Saitta A.Rinaldi A.Verbeken A.Sulistyo B.Tamgnoue B.Kohout P.Science Advances. 2023; 9(48); eadj801610.1126/sciadv.adj8016
Global Fungal Diversity Estimated from High-Throughput Sequencing 2023 Laboratoř environmentální mikrobiologieBaldrian P.Kohout P.Větrovský T.In: PÖGGELE; S.; JAMES; T.; eds. Evolution of Fungi and Fungal-Like Organisms. Cham: Springer Nature; 2023; s. 227-238. The Mycota10.1007/978-3-031-29199-9_10
GlobalAMFungi: a global database of arbuscular mycorrhizal fungal occurrences from high-throughput sequencing metabarcoding studies 2023 Laboratoř environmentální mikrobiologieVětrovský T.Kolaříková Z.Lepinay C.Awokunle Hollá S.Davison J.Fleyberková A.Gromyko A.Jelínková B.Kolařík M.Krüger M.Lejsková R.Michalčíková L.Michalová T.Moora M.Moravcová A.Moulíková .Odriozola Larranga I.Öpik M.Pappová M.Piche-Choquette S.Skřivánek J.Vlk L.Zobel M.Baldrian P.Kohout P.New Phytologist. 2023; 240(5); 2151-216310.1111/nph.19283
Improved recovery and annotation of genes in metagenomes through the prediction of fungal introns 2023 Laboratoř environmentální mikrobiologieLe A.Větrovský T.Baručić D.Saraiva J.Dobbler P.Kohout P.Pospíšek M.da Rocha U.Kléma J.Baldrian P.Molecular Ecology Resources. 2023; 23(8); 1800-181110.1111/1755-0998.13852
Symbiotic status alters fungal eco-evolutionary offspring trajectories 2023 Laboratoř environmentální mikrobiologieAguilar-Trigueros C.Krah F.Cornwell W.Zanne A.Abrego N.Anderson I.Andrew C.Baldrian P.Baessler C.Bissett A.Chaudhary V.Chen B.Chen Y.Delgado-Baquerizo M.Deveautour C.Egidi E.Flores-Moreno H.Golan J.Heilmann-Clausen J.Hempel S.Hu Y.Kauserud H.Kivlin S.Kohout P.Lammel D.Maestre F.Pringle A.Purhonen J.Singh B.Veresoglou S.Větrovský T.Zhang H.Rillig M.Powell J.Ecology Letters. 2023; 26(9); 1523-153410.1111/ele.14271
Forest microbiome and global change 2023 Laboratoř environmentální mikrobiologieBaldrian P.López Mondéjar R.Kohout P.Nature Reviews. Microbiology. 2023; 21(8); 487-50110.1038/s41579-023-00876-4
Climate-driven shifts in plant and fungal communities can lead to topsoil carbon loss in alpine ecosystems 2023 Laboratoř environmentální mikrobiologieMoravcová A.Barbi F.Brabcová V.Cajthaml T.Martinovič T.Soudzilovskaia N.Vlk L.Baldrian P.Kohout P.FEMS Microbiology Ecology. 2023; 99(5); fiad04110.1093/femsec/fiad041
Soil fungal and bacterial community structure in monocultures of fourteen tree species of the temperate zone 2023 Laboratoř environmentální mikrobiologieRozek K.Chmolowska D.Odriozola Larranga I.Větrovský T.Rola K.Kohout P.Baldrian P.Zubek S.Forest Ecology and Management. 2023; 530(15 February); 12075110.1016/j.foreco.2022.120751
Fungal communities in soils under global change 2022 Laboratoř environmentální mikrobiologieBaldrian P.Bell-Dereske L.Lepinay C.Větrovský T.Kohout P.Studies in Mycology. 2022; 103(21 September); 1-2410.3114/sim.2022.103.01
Closing the gap: examining the impact of source habitat proximity on plant and soil microbial communities in post-mining spoil heap succession 2024 Laboratoř environmentální mikrobiologieMészárošová L.Kuťáková E.Kohout P.Münzbergová Z.Baldrian P.Frontiers in Microbiology. 2024; 15(October 2); 141651510.3389/fmicb.2024.1416515
Phosphorus limitation promotes soil carbon storage in a boreal forest exposed to long-term nitrogen fertilization 2024 Laboratoř environmentální mikrobiologieRichy E.Fort T.Odriozola Larranga I.Kohout P.Barbi F.Martinovič T.Tupek B.Adamczyk B.Lehtonen A.Mäkipää R.Baldrian P.Global Change Biology. 2024;10.1111/gcb.17516
Beyond the rootzone: Unveiling soil property and biota gradients around plants 2024 Laboratoř environmentální mikrobiologieDostálek T.Rydlová J.Kohout P.Kuťáková E.Kolaříková Z.Frouz J.Muenzbergová Z.Science of the Total Environment. 2024; 949(1 November); 17503210.1016/j.scitotenv.2024.175032
Accumulation of pathogens in soil microbiome can explain long-term fluctuations of legumes in a grassland community 2024 Laboratoř environmentální mikrobiologieKohout P.Sudová R.Odriozola Larranga I.Kvasničková J.Petružálková M.Hadincová V.Krahulec F.Pecháčková S.Skálová H.Herben T.New Phytologist. 2024; 244(1); 235-24810.1111/nph.20031
Defending Earth’s terrestrial microbiome 2022 Laboratoř environmentální mikrobiologieAverill C.Anthony M.Baldrian P.Finkbeiner F.van den Hoogen J.Kiers T.Kohout P.Hirt E.Smith G.Crowther T.Nature Microbiology. 2022; 7(11); 1717-172510.1038/s41564-022-01228-3
Bacterial community in soil and tree roots of Picea abies shows little response to clearcutting 2022 Laboratoř environmentální mikrobiologieMartinovič T.Kohout P.López Mondéjar R.Algora Gallardo C.Starke R.Tomšovský M.Baldrian P.FEMS Microbiology Ecology. 2022; 98(11); fiac11810.1093/femsec/fiac118
Global patterns in endemicity and vulnerability of soil fungi 2022 Laboratoř environmentální mikrobiologieTedersoo L.Mikryukov V.Zizka A.Bahram M.Hagh-Doust N.Anslan S.Prylutskyi O.Delgado-Baquerizo M.Maestre F.Pärn J.Öpik M.Moora M.Zobel M.Espenberg M.Mander Ü.Khalid A.Corrales A.Agan A.Vasco-Palacios A.Saitta A.Rinaldi A.Verbeken A.Sulistyo B.Tamgnoue B.Furneaux B.Kohout P.Global Change Biology. 2022; 28(22); 6696-671010.1111/gcb.16398
Asymmetric Interaction Between Two Mycorrhizal Fungal Guilds and Consequences for the Establishment of Their Host Plants 2022 Laboratoř environmentální mikrobiologieFernández N.Knoblochová T.Kohout P.Janoušková M.Cajthaml T.Frouz J.Rydlová J.Frontiers in Plant Science. 2022; 13(JUN 9 2022); 87320410.3389/fpls.2022.873204
High-throughput sequencing view on the magnitude of global fungal diversity 2022 Laboratoř environmentální mikrobiologieBaldrian P.Větrovský T.Lepinay C.Kohout P.Fungal Diversity. 2022; 114(1); 539-54710.1007/s13225-021-00472-y
Changes in the root microbiome of four plant species with different mycorrhizal types across a nitrogen deposition gradient in ombrotrophic bogs 2022 Laboratoř environmentální mikrobiologieBoeraeve M.Kohout P.Ceulemans T.Cajthaml T.Tedersoo L.Jacquemyn H.Soil Biology and Biochemistry. 2022; 169(June 22); 10867310.1016/j.soilbio.2022.108673
Soil microbial communities following 20 years of fertilization and crop rotation practices in the Czech Republic 2022 Laboratoř environmentální mikrobiologieKráčmarová M.Uhlík O.Strejček M.Száková J.Černý J.Balík J.Tlustoš P.Kohout P.Demnerová K.Stiborová H.Environmental Microbiome. 2022; 17(1); 1310.1186/s40793-022-00406-4
Temporal turnover of the soil microbiome composition is guild-specific 2021 Laboratoř environmentální mikrobiologieMartinovič T.Odriozola Larranga I.Mašínová T.Bahnmann B.Kohout P.Sedlák P.Merunková K.Větrovský T.Tomšovský M.Ovaskainen O.Baldrian P.Ecology Letters. 2021; 24(12); 2726-273810.1111/ele.13896
Response of soil fungal ecological guilds to global changes 2021 Laboratoř environmentální mikrobiologieMarin C.Kohout P.New Phytologist. 2021; 229(2); 656-65810.1111/nph.17054
Symbiosis of isoetid plant species with arbuscular mycorrhizal fungi under aquatic versus terrestrial conditions 2021 Laboratoř environmentální mikrobiologieSudová R.Rydlová J.Čtvrtlíková M.Kohout P.Oehl F.Voříšková J.Kolaříková Z.Mycorrhiza. 2021; 31(3); 273-28810.1007/s00572-020-01017-y
Predictors of soil fungal biomass and community composition in temperate mountainous forests in Central Europe 2021 Laboratoř environmentální mikrobiologieOdriozola Larranga I.Navrátilová D.Tláskalová P.Klinerová T.Červenková Z.Kohout P.Větrovský T.Čížková P.Starý M.Baldrian P.Soil Biology and Biochemistry. 2021; 161(OCT 2021); 10836610.1016/j.soilbio.2021.108366
PacBio sequencing of Glomeromycota rDNA: a novel amplicon covering all widely used ribosomal barcoding regions and its applicability in taxonomy and ecology of arbuscular mycorrhizal fungi 2021 Laboratoř environmentální mikrobiologieKolaříková Z.Slavíková R.Kruger A.Kruger C.Kohout P.New Phytologist. 2021; 231(1); 490-49910.1111/nph.17372
Temperature and pH define the realised niche space of arbuscular mycorrhizal fungi 2021 Laboratoř environmentální mikrobiologieDavison J.Moora M.Semchenko M.Kohout P.New Phytologist. 2021; 231(2); 763-77610.1111/nph.17240
Forest Microhabitat Affects Succession of Fungal Communities on Decomposing Fine Tree Roots 2021 Laboratoř environmentální mikrobiologieKohout P.Sudová R.Brabcová V.Vosolsobě S.Baldrian P.Albrechtová J.Frontiers in Microbiology. 2021; 12(JAN 28 2021); 54158310.3389/fmicb.2021.541583
Early successional ectomycorrhizal fungi are more likely to naturalize outside their native range than other ectomycorrhizal fungi 2020 Laboratoř environmentální mikrobiologieVlk L.Tedersoo L.Antl T.Větrovský T.Abarenkov K.Pergl J.Albrechtová J.Vosátka M.Baldrian P.Pyšek P.Kohout P.New Phytologist. 2020; 227(5); 1289-129310.1111/nph.16557
Biotické ohrožení památek zahradního umění: řasy; sinice a invazní rostliny. Kritický katalog k výstavě 2020 Laboratoř environmentální mikrobiologiePergl J.Perglová I.Albrechtová J.Antl T.Abarenkov K.Baldrian P.Cihlářová L.Klečka J.Kohout P.Kvasničková J.Maršálek B.Maršálková E.Pejchal M.Petružálková M.Petřík P.Pyšek P.Sádlo J.Štefl L.Tedersoo L.Větrovský T.Vlk L.Vojík M.Vosátka M.Zezulka Š.
Biotické ohrožení památek zahradního umění: řasy; sinice a invazní rostliny 2020 Laboratoř environmentální mikrobiologiePergl J.Perglová I.Albrechtová J.Antl T.Abarenkov K.Baldrian P.Cihlářová L.Klečka J.Kohout P.Kvasničková J.Maršálek B.Maršálková E.Pejchal M.Petružálková M.Petřík P.Pyšek P.Sádlo J.Štefl L.Tedersoo L.Větrovský T.Vlk L.Vojík M.Vosátka M.Zezulka Š.
FungalTraits: a user-friendly traits database of fungi and fungus-like stramenopiles 2020 Laboratoř environmentální mikrobiologiePolme S.Baldrian P.Kohout P.Fungal Diversity. 2020; 105(1); 1-1610.1007/s13225-020-00466-2
Stand age affects fungal community composition in a Central European temperate forest 2020 Laboratoř environmentální mikrobiologieOdriozola Larranga I.Martinovič T.Bahnmann B.Ryšánek D.Mašínová T.Sedlák P.Merunková K.Kohout P.Tomšovský M.Baldrian P.Fungal Ecology. 2020; 48(DEC2020); 10098510.1016/j.funeco.2020.100985
Production of Fungal Mycelia in a Temperate Coniferous Forest Shows Distinct Seasonal Patterns 2020 Laboratoř environmentální mikrobiologieŠtursová M.Kohout P.Human Z.Baldrian P.Journal of Fungi. 2020; 6(4); 19010.3390/jof6040190
Alien ectomycorrhizal plants differ in their ability to interact with co-introduced and native ectomycorrhizal fungi in novel sites 2020 Laboratoř environmentální mikrobiologieVlk L.Tedersoo L.Antl T.Větrovský T.Abarenkov K.Pergl J.Albrechtová J.Vosátka M.Baldrian P.Pyšek P.Kohout P.The ISME Journal. 2020; 14(9); 2336-234610.1038/s41396-020-0692-5
Impact of trees and forests on the Devonian landscape and weathering processes with implications to the global Earth’s system properties A critical review 2020 Laboratoř environmentální mikrobiologiePawlik L.Buma B.Šamonil P.Kvaček J.Galazka A.Kohout P.Malik I.Earth-Science Reviews. 2020; 205(June 2020); 10320010.1016/j.earscirev.2020.103200
GlobalFungi; a global database of fungal occurrences from high-throughput-sequencing metabarcoding studies 2020 Laboratoř environmentální mikrobiologieVětrovský T.Morais D.Kohout P.Lepinay C.Algora C.Awokunle Hollá S.Bahnmann B.Bílohnědá K.Brabcová V.D'Alo F.Human Z.Jomura M.Kolařík M.Kvasničková J.Lladó S.López Mondéjar R.Martinovič T.Mašínová T.Mészárošová L.Michalčíková L.Michalová T.Mundra S.Navrátilová D.Odriozola Larranga I.Piche-Choquette S.Štursová M.Švec K.Tláskal V.Urbanová M.Vlk L.Voříšková J.Žifčáková L.Baldrian P.Scientific Data. 2020; 7(1); 22810.1038/s41597-020-0567-7
Altered rhizoctonia assemblages in grasslands on ex-arable land support germination of mycorrhizal generalist; not specialist orchids 2020 Laboratoř environmentální mikrobiologieVogt-Schilb H.Těšitelová T.Kotilínek M.Sucháček P.Kohout P.Jersáková J.New Phytologist. 2020; 227(4); 1200-121210.1111/nph.16604
Diverse fungal communities associated with the roots of isoetid plants are structured by host plant identity 2020 Laboratoř environmentální mikrobiologieSudová R.Kohout P.Rydlová J.Čtvrtlíková M.Suda J.Voříšková J.Kolaříková Z.Fungal Ecology. 2020; 45(JUNE 2020); 10091410.1016/j.funeco.2020.100914
Diversity of fungi and bacteria in species-rich grasslands increases with plant diversity in shoots but not in roots and soil 2019 Laboratoř environmentální mikrobiologieNavrátilová D.Tláskalová P.Kohout P.Dřevojan P.Fajmon K.Chytrý M.Baldrian P.FEMS Microbiology Ecology. 2019; 95(1); fiy20810.1093/femsec/fiy208
A meta-analysis of global fungal distribution reveals climate-driven patterns 2019 Laboratoř environmentální mikrobiologieVětrovský T.Kohout P.Kopecký M.Macháč A.Man M.Bahnmann B.Brabcová V.Choi J.Mészárošová L.Human Z.Lepinay C.Lladó S.López Mondéjar R.Martinovič T.Mašínová T.Morais D.Navrátilová D.Odriozola Larranga I.Štursová M.Švec K.Tláskal V.Urbanová M.Wan J.Žifčáková L.Howe A.Ladau J.Peay K.Storch D.Wild J.Baldrian P.Nature Communications. 2019; 10(NOV 13); 514210.1038/s41467-019-13164-8
Ecology of mycorrhizas in the anthropocene 2019 Laboratoř biologie hubJansa J.Kohout P.Fungal Ecology. 2019; 40(SI); 1-310.1016/j.funeco.2019.02.012
