Data-Independent Acquisition Represents a Promising Alternative for Fast Photochemical Oxidation of Proteins (FPOP) Samples Analysis 2024 Laboratoř strukturní biologie a buněčné signalizace Zákopčaník M.Kavan D.Kukačka Z.Novák P.Loginov D.Analytical Chemistry. 2024; 96(28); 11273-1127910.1021/acs.analchem.4c01084
Structural Characterization of Monoclonal Antibodies and Epitope Mapping by FFAP Footprinting 2024 Laboratoř strukturní biologie a buněčné signalizace Fojtík L.Kalaninová Z.Fiala J.Halada P.Chmelík J.Man P.Kukačka Z.Novák P.Analytical Chemistry. 2024; 96(19); 7386-739310.1021/acs.analchem.3c04161
An Unusual Two-Domain Thyropin from Tick Saliva: NMR Solution Structure and Highly Selective Inhibition of Cysteine Cathepsins Modulated by Glycosaminoglycans 2024 Laboratoř strukturní biologie a buněčné signalizace Matoušková Z.Orsághová K.Srb P.Pytelková J.Kukačka Z.Buša M.Hajdušek O.Šíma R.Fábry M.Novák P.Horn M.Kopáček P.Mareš M.International Journal of Molecular Sciences. 2024; 25(4); 224010.3390/ijms25042240
Molecular structure of soluble vimentin tetramers 2023 Laboratoř strukturní biologie a buněčné signalizace Vermeire P.Lilina A.Hashim H.Dlabolova L.Fiala J.Beelen S.Kukačka Z.Harvey J.Novák P.Strelkov S.Scientific Reports. 2023; 13(1); 884110.1038/s41598-023-34814-4
Multivalency of nucleosome recognition by LEDGF 2023 Laboratoř strukturní biologie a buněčné signalizace Koutná E.Lux V.Kouba T.Škerlová J.Nováček J.Srb P.Hexnerová R.Šváchová H.Kukačka Z.Novák P.Fábry M.Poepsel S.Veverka V.Nucleic Acids Research. 2023; 51(18); 10011-1002510.1093/nar/gkad674
Top-Down Detection of Oxidative Protein Footprinting by Collision-Induced Dissociation;Electron-Transfer Dissociation; and Electron-Capture Dissociation 2022 Laboratoř strukturní biologie a buněčné signalizace Yassaghi G.Kukačka Z.Fiala J.Kavan D.Halada P.Volný M.Novák P.Analytical Chemistry. 2022; 94(28); 9993-1000210.1021/acs.analchem.1c05476
Utilization of Fast Photochemical Oxidation of Proteins and Both Bottom-up and Top-down Mass Spectrometry for Structural Characterization of a Transcription Factor-dsDNA Complex 2022 Laboratoř strukturní biologie a buněčné signalizace Polák M.Yassaghi G.Kavan D.Filandr F.Fiala J.Kukačka Z.Halada P.Loginov D.Novák P.Analytical Chemistry. 2022; 94(7); 3203-321010.1021/acs.analchem.1c04746
SAP domain forms a flexible part of DNA aperture in Ku70/80 2021 Laboratoř strukturní biologie a buněčné signalizace Hnízda A.Těšina P.Nguyen T.Kukačka Z.Kater L.Chaplin A.Beckmann R.Ascher D.Novák P.Blundell T.FEBS Journal. 2021; 288(14); 4382-439310.1111/febs.15732
LinX 2.0 2021 Laboratoř strukturní biologie a buněčné signalizace Kukačka Z.Rosůlek M.Jelínek J.Slavata L.Kavan D.Novák P.
LinX: A Software Tool for Uncommon Cross-Linking Chemistry 2021 Laboratoř strukturní biologie a buněčné signalizace Kukačka Z.Rosůlek M.Jelínek J.Slavata L.Kavan D.Novák P.Journal of Proteome Research. 2021; 20(4); 2021-202710.1021/acs.jproteome.0c00858
Molecular Mechanism of LEDGF/p75 Dimerization 2020 Laboratoř strukturní biologie a buněčné signalizace Lux V.Brouns T.Čermáková K.Srb P.Fábry M.Mádlíková M.Hořejší M.Kukačka Z.Novák P.Kugler M.Brynda J.DeRijck J.Christ F.Debyser Z.Veverka V.Structure. 2020; 28(12); 1288-129910.1016/j.str.2020.08.012
Influence of cross-linker polarity on selectivity towards lysine side chains 2020 Laboratoř strukturní biologie a buněčné signalizace Fiala J.Kukačka Z.Novák P.Journal of Proteomics. 2020; 218(APR 30); 10371610.1016/j.jprot.2020.103716
MS-Based Approaches Enable the Structural Characterization of Transcription Factor/DNA Response Element Complex 2019 Laboratoř charakterizace molekulární strukturySlavata L.Chmelík J.Kavan D.Filandrová R.Fiala J.Rosůlek M.Mrázek H.Kukačka Z.Vališ K.Man P.Miller M.McIntyre W.Fabris D.Novák P.Biomolecules. 2019; 9(10); 53510.3390/biom9100535
First Community-Wide; Comparative Cross-Linking Mass Spectrometry Study 2019 Laboratoř strukturní biologie a buněčné signalizace Iacobucci C.Kukačka Z.Novák P.Analytical Chemistry. 2019; 91(11); 6953-696110.1021/acs.analchem.9b00658
Binding of eIF3 in complex with eIF5 and eIF1 to the 40S ribosomal subunit is accompanied by dramatic structural changes 2019 Laboratoř strukturní biologie a buněčné signalizace Zeman J.Itoh Y.Kukačka Z.Rosůlek M.Kavan D.Kouba T.Jansen M.Mohammad M.Novák P.Valášek L.Nucleic Acids Research. 2019; 47(15); 8282-830010.1093/nar/gkz570
Reductant-Induced Free Radical Fluoroalkylation of Nitrogen Heterocycles and Innate Aromatic Amino Acid Residues in Peptides and Proteins 2019 Laboratoř strukturní biologie a buněčné signalizace Rahimidashaghoul K.Klimánková I.Hubálek M.Korecký M.Chvojka M.Pokorný D.Matoušek V.Fojtík L.Kavan D.Kukačka Z.Novák P.Beier P.Chemistry - A European Journal. 2019; 25(69); 15779-1578510.1002/chem.201902944
The C-type lectin-like receptor Nkrp1b: Structural proteomics reveals features affecting protein conformation and interactions 2019 Laboratoř strukturní biologie a buněčné signalizace Hernychová L.Rosůlek M.Kádek A.Mareška V.Chmelík J.Adámková L.Grobárová V.Šebesta O.Kukačka Z.Skála K.Spiwok V.Černý J.Novák P.Journal of Proteomics. 2019; 196(MAR 30); 162-17210.1016/j.jprot.2018.11.007
Oligomeric Architecture of Mouse Activating Nkrp1 Receptors on Living Cells 2019 Laboratoř strukturní biologie a buněčné signalizace Adámková L.Kvíčalová Z.Rozbeský D.Kukačka Z.Adámek D.Cebecauer M.Novák P.International Journal of Molecular Sciences. 2019; 20(8); 188410.3390/ijms20081884
