RIP-seq reveals RNAs that interact with RNA polymerase and primary sigma factors in bacteria 2024 Laboratoř mikrobiální genetiky a genové exprese Vaňková Hausnerová V.Shoman M.Kumar D.Schwarz M.Modrák M.Jirát Matějčková J.Mikesková E.Neva S.Herrmannová A.Šiková M.Halada P.Novotná I.Pajer J.Valášek L.Převorovský M.Krásný L.Hnilicová J.Nucleic Acids Research. 2024; 52(May 8); 4604-462610.1093/nar/gkae081
A new role of sigma factors in regulation of bacterial transcription 2023 Laboratoř mikrobiální genetiky a genové exprese Pospíšil J.Schwarz M.Ziková A.Vítovská D.Hradilová M.Kolář M.Křenková A.Hubálek M.Krásný L.Vohradský J.Czech Chem. Soc. Symp. Series. 2023; 21(5); 210-210
?E of Streptomyces coelicolor can function both as a direct activator or repressor of transcription 2024 Laboratoř mikrobiální genetiky a genové exprese Pospíšil J.Schwarz M.Ziková A.Vítovská D.Hradilová M.Kolář M.Křenková A.Hubálek M.Krásný L.Vohradský J.Communications Biology. 2024; 7(January 6); 46/10.1038/s42003-023-05716-y
Ms1 RNA Interacts With the RNA Polymerase Core in Streptomyces coelicolor and Was Identified in Majority of Actinobacteria Using a Linguistic Gene Synteny Search 2022 Laboratoř mikrobiální genetiky a genové exprese Vaňková Hausnerová V.Marvalová O.Šiková M.Shoman M.Havelková J.Kambová M.Janoušková M.Kumar D.Halada P.Schwarz M.Krásný L.Hnilicová J.Pánek J.Frontiers in Microbiology. 2022; 13(MAY 11 2022); 84853610.3389/fmicb.2022.848536
rboAnalyzer webserver: web service for non-coding RNA characterization from NCBI BLAST output 2021 Laboratoř bioinformatiky Schwarz M.Vohradský J.Pánek J.Bioinformatics. 2021; 37(17); 2755-275610.1093/bioinformatics/btab073
NAD-capping: a universal RNA modification in Mycobacteria; Archaea and Escherichia coli 2021 Laboratoř bioinformatiky Ruiz-Larrabeiti O.Benoni R.Zemlianski V.Hanišáková N.Suder A.Schwarz M.Brezovská B.Svojanovská B.Vítězová M.Cahová H.Převorovský M.Krásný L.FEBS Open Bio. 2021; 11(Suppl 1); 18
Kinetic Modeling and Meta-Analysis of the Bacillus subtilis SigB Regulon during Spore Germination and Outgrowth 2021 Laboratoř bioinformatiky Vohradský J.Schwarz M.Ramaniuk O.Ruiz-Larrabeiti O.Vaňková Hausnerová V.Šanderová H.Krásný L.Microorganisms. 2021; 9(1)10.3390/microorganisms9010112
rboAnalyzer: A Software to Improve Characterization of Non-coding RNAs From Sequence Database Search Output 2020 Laboratoř bioinformatiky Schwarz M.Vohradský J.Modrák M.Pánek J.Frontiers in genetics. 2020; 11(Jul 28); 67510.3389/fgene.2020.00675
DNA mapping and kinetic modeling of the HrdB regulon in Streptomyces coelicolor. 2019 Laboratoř mikrobiální genetiky a genové exprese Šmídová K.Ziková A.Pospíšil J.Schwarz M.Bobek J.Vohradský J.Nucleic Acids Research. 2019; 47(2); 621-63310.1093/nar/gky1018
