Effect of plant communities on bacterial and fungal communities in a Central European grassland 2024 Laboratoř environmentální mikrobiologieLepinay C.Větrovský T.Chytrý M.Dřevojan P.Fajmon K.Cajthaml T.Kohout P.Baldrian P.Environmental Microbiome. 2024; 19(1); 4210.1186/s40793-024-00583-4
Dominant herbaceous plants contribute to the spatial heterogeneity of beech and riparian forest soils by influencing fungal and bacterial diversity 2024 Laboratoř environmentální mikrobiologieZubek S.Rozek K.Chmolowska D.Odriozola Larranga I.Větrovský T.Skubała K.Thiago Dobbler P.Stefanowicz A.Stanek M.Orzechowska A.Kohout P.Baldrian P.Soil Biology and Biochemistry. 2024; 193(June 2024); 10940510.1016/j.soilbio.2024.109405
Fungal symbionts associate with holm oak tree health in declining oak savannas of the southwest of the Iberian Peninsula 2024 Laboratoř environmentální mikrobiologieGarrastatxu J.Odriozola Larranga I.Esteban R.Encinas-Valero M.Morais D.Větrovský T.Yuste J.Applied Soil Ecology. 2024; 195(March 24); 10521010.1016/j.apsoil.2023.105210
Decomposition of Fomes fomentatius fruiting bodies –transition of healthy living fungus into a deca y ed bacteria-ric h ha bita t is primaril y dri v en by Arthropoda 2024 Laboratoř environmentální mikrobiologieBosch J.Dobbler P.Větrovský T.Tláskal V.Baldrian P.Brabcová V.FEMS Microbiology Ecology. 2024; 100(5); fiae04410.1093/femsec/fiae044
Exploring structural and molecular diversity of Ericaceae hair root mycobionts: a comparison between Northern Bohemia and Argentine Patagonia 2023 Laboratoř environmentální mikrobiologieVohník M.Bruzone M.Knoblochová T.Fernández N.Kolaříková Z.Větrovský T.Fontenla S.Mycorrhiza. 2023; 33(5-6); 425-44710.1007/s00572-023-01125-5
Global Fungal Diversity Estimated from High-Throughput Sequencing 2023 Laboratoř environmentální mikrobiologieBaldrian P.Kohout P.Větrovský T.In: PÖGGELE; S.; JAMES; T.; eds. Evolution of Fungi and Fungal-Like Organisms. Cham: Springer Nature; 2023; s. 227-238. The Mycota10.1007/978-3-031-29199-9_10
Continuous microhabitats as crossroads of fungal communities in a primeval temperate forest 2023 Laboratoř environmentální mikrobiologiePiche-Choquette S.Tláskal V.Vrška T.Jiráska L.Větrovský T.Baldrian P.Soil Biology and Biochemistry. 2023; 187(December 2023); 10918710.1016/j.soilbio.2023.109187
GlobalAMFungi: a global database of arbuscular mycorrhizal fungal occurrences from high-throughput sequencing metabarcoding studies 2023 Laboratoř environmentální mikrobiologieVětrovský T.Kolaříková Z.Lepinay C.Awokunle Hollá S.Davison J.Fleyberková A.Gromyko A.Jelínková B.Kolařík M.Krüger M.Lejsková R.Michalčíková L.Michalová T.Moora M.Moravcová A.Moulíková .Odriozola Larranga I.Öpik M.Pappová M.Piche-Choquette S.Skřivánek J.Vlk L.Zobel M.Baldrian P.Kohout P.New Phytologist. 2023; 240(5); 2151-216310.1111/nph.19283
Improved recovery and annotation of genes in metagenomes through the prediction of fungal introns 2023 Laboratoř environmentální mikrobiologieLe A.Větrovský T.Baručić D.Saraiva J.Dobbler P.Kohout P.Pospíšek M.da Rocha U.Kléma J.Baldrian P.Molecular Ecology Resources. 2023; 23(8); 1800-181110.1111/1755-0998.13852
A pile of pipelines: An overview of the bioinformatics software for metabarcoding data analyses 2023 Laboratoř environmentální mikrobiologieHakimzadeh A.Abdala Asbun A.Albanese D.Bernard M.Buchner D.Callahan B.Caporaso J.Curd E.Djemiel C.Brandstrom Durling M.Elbrecht V.Gold Z.Gweon H.Hajibabaei M.Hildebrand F.Mikryukov V.Normandeau E.Ozkurt E.M. Palmer J.Pascal G.Porter T.Straub D.Vasar M.Větrovský T.Zafeiropoulos H.Anslan S.Molecular Ecology Resources. 2023;10.1111/1755-0998.13847
Impact of Wood Age on Termite Microbial Assemblages 2023 Laboratoř environmentální mikrobiologieChakraborty A.Šobotník J.Votýpková K.Hradecký J.Stiblik P.Synek J.Bourguignon T.Baldrian P.Engel M.Novotný V.Odriozola Larranga I.Větrovský T.Applied and Environmental Microbiology. 2023; 89(5); e003612310.1128/aem.00361-23
Symbiotic status alters fungal eco-evolutionary offspring trajectories 2023 Laboratoř environmentální mikrobiologieAguilar-Trigueros C.Krah F.Cornwell W.Zanne A.Abrego N.Anderson I.Andrew C.Baldrian P.Baessler C.Bissett A.Chaudhary V.Chen B.Chen Y.Delgado-Baquerizo M.Deveautour C.Egidi E.Flores-Moreno H.Golan J.Heilmann-Clausen J.Hempel S.Hu Y.Kauserud H.Kivlin S.Kohout P.Lammel D.Maestre F.Pringle A.Purhonen J.Singh B.Veresoglou S.Větrovský T.Zhang H.Rillig M.Powell J.Ecology Letters. 2023; 26(9); 1523-153410.1111/ele.14271
Defining the relationship between phylogeny; clinical manifestation; and phenotype for Trichophyton mentagrophytes/interdigitale complex; a literature review and taxonomic recommendations 2023 Laboratoř genetiky a metabolismu hubŠvarcová M.Větrovský T.Kolařík M.Hubka V.Medical Mycology. 2023; 61(5); myad04210.1093/mmy/myad042
Soil fungal and bacterial community structure in monocultures of fourteen tree species of the temperate zone 2023 Laboratoř environmentální mikrobiologieRozek K.Chmolowska D.Odriozola Larranga I.Větrovský T.Rola K.Kohout P.Baldrian P.Zubek S.Forest Ecology and Management. 2023; 530(15 February); 12075110.1016/j.foreco.2022.120751
Fungal communities in soils under global change 2022 Laboratoř environmentální mikrobiologieBaldrian P.Bell-Dereske L.Lepinay C.Větrovský T.Kohout P.Studies in Mycology. 2022; 103(21 September); 1-2410.3114/sim.2022.103.01
High-throughput sequencing view on the magnitude of global fungal diversity 2022 Laboratoř environmentální mikrobiologieBaldrian P.Větrovský T.Lepinay C.Kohout P.Fungal Diversity. 2022; 114(1); 539-54710.1007/s13225-021-00472-y
Composition and functioning of the soil microbiome in the highest altitudes of the Italian Alps and potential effects of climate change 2022 Laboratoř environmentální mikrobiologieD'Alo F.Baldrian P.Odriozola Larranga I.Morais D.Větrovský T.Zucconi L.Ripa C.Cannone N.Malfasi F.Onofri S.FEMS Microbiology Ecology. 2022; 98(3); fiac02510.1093/femsec/fiac025
Functional soil mycobiome across ecosystems 2022 Laboratoř environmentální mikrobiologieFernandes M.Bastida F.Jehmlich N.Martinovič T.Větrovský T.Baldrian P.Delgado-Baquerizo M.Starke R.Journal of Proteomics. 2022; 252(FEB 10 2022); 10442810.1016/j.jprot.2021.104428
Temporal turnover of the soil microbiome composition is guild-specific 2021 Laboratoř environmentální mikrobiologieMartinovič T.Odriozola Larranga I.Mašínová T.Bahnmann B.Kohout P.Sedlák P.Merunková K.Větrovský T.Tomšovský M.Ovaskainen O.Baldrian P.Ecology Letters. 2021; 24(12); 2726-273810.1111/ele.13896
Predictors of soil fungal biomass and community composition in temperate mountainous forests in Central Europe 2021 Laboratoř environmentální mikrobiologieOdriozola Larranga I.Navrátilová D.Tláskalová P.Klinerová T.Červenková Z.Kohout P.Větrovský T.Čížková P.Starý M.Baldrian P.Soil Biology and Biochemistry. 2021; 161(OCT 2021); 10836610.1016/j.soilbio.2021.108366
Large subglacial source of mercury from the southwestern margin of the Greenland Ice Sheet 2021 Laboratoř environmentální mikrobiologieHawkings J.Linhoff B.Wadham J.Stibal M.Lamborg C.Carling G.Lamarche-Gagnon G.Kohler T.Ward R.Hendry K.Falteisek L.Kellerman A.Cameron K.Hatton J.Tingey S.Holt A.Vinšová P.Hofer S.Bulínová M.Větrovský T.Meire L.Spencer R.Nature Geoscience. 2021; 14(7); 496-50210.1038/s41561-021-00753-w
Metagenomes; metatranscriptomes and microbiomes of naturally decomposing deadwood 2021 Laboratoř environmentální mikrobiologieTláskal V.Brabcová V.Větrovský T.López Mondéjar R.Monteiro L.Saraiva J.da Rocha U.Baldrian P.Scientific Data. 2021; 8(1); 19810.1038/s41597-021-00987-8
Complementary Roles of Wood-Inhabiting Fungi and Bacteria Facilitate Deadwood Decomposition 2021 Laboratoř environmentální mikrobiologieTláskal V.Brabcová V.Větrovský T.Jomura M.López Mondéjar R.Monteiro L.Saraiva J.Human Z.Cajthaml T.da Rocha U.Baldrian P.mSystems. 2021; 6(1); e01078-2010.1128/mSystems.01078-20
Fungal Communities Are Important Determinants of Bacterial Community Composition in Deadwood 2021 Laboratoř environmentální mikrobiologieOdriozola Larranga I.Abrego N.Tláskal V.Zrůstová P.Morais D.Větrovský T.Ovaskainen O.Baldrian P.mSystems. 2021; 6(1); e01017-2010.1128/mSystems.01017-20
Niche differentiation of bacteria and fungi in carbon and nitrogen cycling of different habitats in a temperate coniferous forest: A metaproteomic approach 2021 Laboratoř environmentální mikrobiologieStarke R.López Mondéjar R.Human Z.Navrátilová D.Štursová M.Větrovský T.Olson H.Orton D.Callister S.Lipton M.Howe A.McCue L.Pennacchio C.Grigoriev I.Baldrian P.Soil Biology and Biochemistry. 2021; 155(APR 2021); 10817010.1016/j.soilbio.2021.108170
Termites Are Associated with External Species-Specific Bacterial Communities 2021 Laboratoř environmentální mikrobiologieSoukup P.Větrovský T.Stiblik P.Votýpková K.Chakraborty A.Sillam-Dusses D.Kolařík M.Odriozola Larranga I.Lo N.Baldrian P.Šobotník J.Bourguignon T.Applied and Environmental Microbiology. 2021; 87(2); e02042-2010.1128/AEM.02042-20
R/G Value-A Numeric Index of Individual Periodontal Health and Oral Microbiome Dynamics 2021 Laboratoř antibiotické rezistence a mikrobiálního metabolismuNajmanová L.Sabová L.Lenartová M.Janatová T.Myšák J.Větrovský T.Těšínská B.Balíková Novotná G.Koběrská M.Broukal Z.Dušková J.Podzimek Š.Janata J.Frontiers in Cellular and Infection Microbiology. 2021; 11(MAR 10); 60264310.3389/fcimb.2021.602643
Early successional ectomycorrhizal fungi are more likely to naturalize outside their native range than other ectomycorrhizal fungi 2020 Laboratoř environmentální mikrobiologieVlk L.Tedersoo L.Antl T.Větrovský T.Abarenkov K.Pergl J.Albrechtová J.Vosátka M.Baldrian P.Pyšek P.Kohout P.New Phytologist. 2020; 227(5); 1289-129310.1111/nph.16557
Biotické ohrožení památek zahradního umění: řasy; sinice a invazní rostliny. Kritický katalog k výstavě 2020 Laboratoř environmentální mikrobiologiePergl J.Perglová I.Albrechtová J.Antl T.Abarenkov K.Baldrian P.Cihlářová L.Klečka J.Kohout P.Kvasničková J.Maršálek B.Maršálková E.Pejchal M.Petružálková M.Petřík P.Pyšek P.Sádlo J.Štefl L.Tedersoo L.Větrovský T.Vlk L.Vojík M.Vosátka M.Zezulka Š.
Biotické ohrožení památek zahradního umění: řasy; sinice a invazní rostliny 2020 Laboratoř environmentální mikrobiologiePergl J.Perglová I.Albrechtová J.Antl T.Abarenkov K.Baldrian P.Cihlářová L.Klečka J.Kohout P.Kvasničková J.Maršálek B.Maršálková E.Pejchal M.Petružálková M.Petřík P.Pyšek P.Sádlo J.Štefl L.Tedersoo L.Větrovský T.Vlk L.Vojík M.Vosátka M.Zezulka Š.
Resolving the taxonomy of emerging zoonotic pathogens in the Trichophyton benhamiae complex 2020 Laboratoř genetiky a metabolismu hubČmoková A.Kolařík M.Dobiáš R.Hoyer L.Janouškovcová H.Kano R.Kuklová I.Lysková P.Machová L.Maier T.Mallátová N.Man M.Mencl K.Nenoff P.Peano A.Prausová H.Stubbe D.Uhrlass S.Větrovský T.Wiegand C.Hubka V.Fungal Diversity. 2020; 104(1); 333-38710.1007/s13225-020-00465-3
Feeding on fungi: genomic and proteomic analysis of the enzymatic machinery of bacteria decomposing fungal biomass 2020 Laboratoř environmentální mikrobiologieStarke R.Morais D.Větrovský T.López Mondéjar R.Baldrian P.Brabcová V.Environmental Microbiology. 2020; 22(11); 4604-461910.1111/1462-2920.15183
Termites host specific fungal communities that differ from those in their ambient environments 2020 Laboratoř environmentální mikrobiologieVětrovský T.Soukup P.Stiblik P.Votýpková K.Chakraborty A.Odriozola Larranga I.Sillam-Dusses D.Lo N.Bourguignon T.Baldrian P.Šobotník J.Kolařík M.Fungal Ecology. 2020; 48(DEC 2020); 10099110.1016/j.funeco.2020.100991
Metagenomics and stable isotope probing reveal the complementary contribution of fungal and bacterial communities in the recycling of dead biomass in forest soil 2020 Laboratoř environmentální mikrobiologieLópez Mondéjar R.Tláskal V.Větrovský T.Štursová M.Toscan R.da Rocha U.Baldrian P.Soil Biology and Biochemistry. 2020; 148(SEP 2020); 10787510.1016/j.soilbio.2020.107875
Alien ectomycorrhizal plants differ in their ability to interact with co-introduced and native ectomycorrhizal fungi in novel sites 2020 Laboratoř environmentální mikrobiologieVlk L.Tedersoo L.Antl T.Větrovský T.Abarenkov K.Pergl J.Albrechtová J.Vosátka M.Baldrian P.Pyšek P.Kohout P.The ISME Journal. 2020; 14(9); 2336-234610.1038/s41396-020-0692-5
GlobalFungi; a global database of fungal occurrences from high-throughput-sequencing metabarcoding studies 2020 Laboratoř environmentální mikrobiologieVětrovský T.Morais D.Kohout P.Lepinay C.Algora C.Awokunle Hollá S.Bahnmann B.Bílohnědá K.Brabcová V.D'Alo F.Human Z.Jomura M.Kolařík M.Kvasničková J.Lladó S.López Mondéjar R.Martinovič T.Mašínová T.Mészárošová L.Michalčíková L.Michalová T.Mundra S.Navrátilová D.Odriozola Larranga I.Piche-Choquette S.Štursová M.Švec K.Tláskal V.Urbanová M.Vlk L.Voříšková J.Žifčáková L.Baldrian P.Scientific Data. 2020; 7(1); 22810.1038/s41597-020-0567-7
A meta-analysis of global fungal distribution reveals climate-driven patterns 2019 Laboratoř environmentální mikrobiologieVětrovský T.Kohout P.Kopecký M.Macháč A.Man M.Bahnmann B.Brabcová V.Choi J.Mészárošová L.Human Z.Lepinay C.Lladó S.López Mondéjar R.Martinovič T.Mašínová T.Morais D.Navrátilová D.Odriozola Larranga I.Štursová M.Švec K.Tláskal V.Urbanová M.Wan J.Žifčáková L.Howe A.Ladau J.Peay K.Storch D.Wild J.Baldrian P.Nature Communications. 2019; 10(NOV 13); 514210.1038/s41467-019-13164-8
The concept of operational taxonomic units revisited: genomes of bacteria that are regarded as closely related are often highly dissimilar 2019 Laboratoř environmentální mikrobiologieLladó S.Větrovský T.Baldrian P.Folia Microbiologica. 2019; 64(1); 19-2310.1007/s12223-018-0627-y
Cellulase-Hemicellulase Activities and Bacterial Community Composition of Different Soils from Algerian Ecosystems 2019 Laboratoř environmentální mikrobiologieHoufani A.Větrovský T.Navarrete O.Štursová M.Tláskal V.Beiko R.Boucherba N.Baldrian P.Benallaoua S.Jorquera M.Microbial Ecology. 2019; 77(3); 713-72510.1007/s00248-018-1251-8
Tracking of the activity of individual bacteria in temperate forest soils shows guild-specific responses to seasonality 2019 Laboratoř environmentální mikrobiologieLladó S.Větrovský T.Baldrian P.Soil Biology and Biochemistry. 2019; 135(AUG); 275-28210.1016/j.soilbio.2019.05.010
Microbial communities in local and transplanted soils along a latitudinal gradient 2019 Laboratoř environmentální biotechnologieHeděnec P.Jílková V.Lin Q.Cajthaml T.Filipová A.Baldrian P.Větrovský T.Krištůfek V.Chroňáková A.Setälä H.Tsiafouli M.Mortimer S.Kukla J.Frouz J.Catena. 2019; 173(February); 456-46410.1016/j.catena.2018.10.043
